Ved lov av 5. mars 2004 nr. 13 vedtok Stortinget å opprette en ny sentral landsdekkende enhet med ansvar for å etterforske saker som gjelder spørsmålet om ansatte i politiet eller påtalemyndigheten har begått en straffbar handling i tjenesten. Spesialenheten for politisaker ble virksom fra 1. januar 2005.

Spesialenheten er ikke en del av politiet eller den ordinære påtalemyndighet. Enheten er en uavhengig organisasjon, som er administrativt underlagt Justisdepartementet (Sivilavdelingen) og faglig underlagt Riksadvokaten. Riksadvokaten kan gi pålegg til enheten om iverksetting, gjennomføring og stansing av etterforsking. Riksadvokaten behandler også klager over avgjørelser truffet av Spesialenheten.

Enheten ledes av Sjefen for Spesialenheten for politisaker. Etterforskingen utføres ved 3 regionale etterforskingsavdelinger, som avgir innstilling (forslag) til Sjefen om hvordan påtalespørsmålet bør avgjøres.

Arbeidet ved Spesialenheten utføres av fast ansatt personale og personer på verv.