Når Spesialenheten har mottatt en anmeldelse, sender vi en bekreftelse til anmelder på at saken er mottatt.
Saken oversendes deretter til rett etterforskingsavdeling. Etterforskingsavdelingen vil først vurdere om det er grunn til å iverksette etterforsking i saken. Til hjelp i denne vurderingen vil det normalt bli innhentet kopi av eventuelle dokumenter i politiet som vedrører samme forhold, for eksempel politidistriktets straffesak mot anmelder, rettsavgjørelser el.l. Ofte vil det også bli innhentet en utdypende forklaring fra anmelder.
I saker hvor det besluttes iverksatt etterforsking, gis underretning til riksadvokaten og anmeldtes/mistenktes arbeidsgiver.
Leder av etterforskingsavdeling vil i saker det ikke besluttes etterforsking i og saker som er ferdig etterforsket avgi innstilling om sakens avgjørelse til Sjefen for Spesialenheten.
Sjefen for Spesialenheten treffer den endelige avgjørelsen i alle saker. Når en avgjørelse foreligger, vil partene i saken bli underrettet.
Leder av etterforskingsavdeling og Sjefen for Spesialenheten kan delegere sin myndighet til andre i enheten.
Spesialenheten har mange saker til behandling. Det vil derfor ofte gå noe tid før en avgjørelse foreligger. Gjennomsnittlig saksbehandlingstid i 2010 var 177 dager (6 mnd).
Vedtak truffet av Sjefen for Spesialenheten kan påklages til Riksadvokaten, jf straffeprosessloven § 59a. Fristen for å klage er tre uker fra det tidspunkt underretning om vedtaket kommer fram til klageren, jf straffeprosessloven § 59a tredje ledd. En eventuell klage skal framsendes gjennom Spesialenheten.
Opprettholdes henleggelsen av Riksadvokaten er det anledning til å reise privat straffesak ved domstolene etter straffeprosessloven § 402. Slik sak må i tilfelle være reist innen de frister som fremgår av straffeprosessloven § 403 mv. I alminnelighet er fristen 6 måneder etter at den påtaleberettigede er kommet til kunnskap om den straffbare handlingen og om hvem som har forøvet den, eventuelt senest 1 måned etter at de har fått denne meldingen.
Bestemmelser om saksbehandlingen i Spesialenheten er gitt i påtaleinstruksen kap. 34.