Spesialenheten har fra i dag, 1. november 2021, ny organisering. Det er opprettet to avdelinger; en avdeling for felles saksmottak og innledende etterforsking (SSI) og en etterforskingsavdeling. Avdelingene Øst, Vest, og Midt-Norge og Nord-Norge er avviklet som selvstendige enheter og inngår nå i én felles etterforskingsavdeling. Samtlige lokasjoner er opprettholdt.
En uavhengig og riksdekkende etterforskings- og påtalemyndighet, som behandler anmeldelser mot ansatte i politiet og påtalemyndigheten.