Når Spesialeininga har teke imot ei melding, sender vi ei stadfesting til meldaren på at saka er motteken.
Deretter blir saka send over til rett etterforskingsavdeling. Etterforskingsavdelinga vurderer først om det er grunn til å setje i verk etterforsking i saka. Til hjelp i denne vurderinga blir det normalt innhenta kopi av eventuelle dokument hos politiet som gjeld det same forholdet, til dømes straffesaker politidistriktet har reist mot meldaren, rettsavgjerder og liknande. Ofte blir det òg innhenta ei utdjupande forklaring frå meldaren.
Når det er teke avgjerd om å setje i verk etterforsking i ei sak, blir Riksadvokaten og arbeidsgivaren til den melde/mistenkte varsla.
I saker der det blir teke avgjerd om ikkje å etterforske, og i saker som er ferdig etterforska, leverer leiaren av etterforskingsavdelinga innstilling til sjefen for Spesialeininga om korleis saka bør avgjerast.
Sjefen for Spesialeininga tek den endelege avgjerda i alle saker. Når vedtak ligg føre, blir partane i saka varsla.
Leiaren av etterforskingsavdelinga og Sjefen for Spesialeininga kan delegere myndigheit til andre i eininga.
Spesialeininga har mange saker til behandling. Ofte kan det derfor gå noko tid før ei avgjerd ligg føre. Gjennomsnittleg saksbehandlingstid i 2010 var 177 dagar (seks månader).
Vedtak som Sjefen for Spesialeininga gjer, kan påklagast til Riksadvokaten, jf. straffeprosesslova § 59 a. Fristen for å klage er tre veker frå tidspunktet då varsel om vedtaket kjem fram til klagaren, jf. straffeprosesslova § 59 a tredje ledd. Ein eventuell klage skal framsendast gjennom Spesialeininga.
Dersom Riksadvokaten ikkje gjer om vedtaket om å leggje bort saka, kan det reisast privat straffesak ved domstolane etter straffeprosesslova § 402. Slik sak må i tilfelle vere reist innan fristane som går fram av straffeprosesslova § 403 m.v. Til vanleg er fristen seks månader etter at instansen som har påtalerett, har fått kunnskap om den straffbare handlinga og kven som har utført henne, eventuelt seinast éin månad etter at dei har fått denne meldinga.
Føresegner om saksbehandlinga i Spesialeininga er gitt i påtaleinstruksen kapittel 34.